区域限制：保税物流限于保税区内的物流，具有国际性质特点；而普通物流除了特殊监管的区域外，其它没有限制，范围更广。

监管对象：保税物流全程受到海关的监管，流程和手续更复杂；而普通物流在国内为收到当地相关部门的监管和管理。

功能定位：保税区具有“保税仓储、出口加工、转口贸易”三大功能，保税区能便利转口贸易，增加有关费用的收入。运入保税区的货物可以进行储存、改装、分类、混合、展览，以及加工制造，但必须处于海关监管范围内。

总的来说，保税物流和普通物流在区域限制、监管对象、功能定位方面存在明显的区别。