监管力度：保税区在海关的特殊监管范围内，货物入区前须在海关登记，保税区货物进出境内、境外或区内流动有不同的税收限制。自由贸易区是在海关辖区以外的、无贸易限制的关税豁免地区。

储存时间限制：保税区的货物存储有时间限定，一般为2至5年。而在自由贸易区内，货物存储期限不受限制。

货物管理方式：由于保税区内的货物是“暂不征税”，对货物采用账册管理方式。在自由贸易区，主要考虑货畅其流为基本条件，多数自由贸易区采取门岗管理方式，运作手续更为简化，交易成本更低。

功能作用：目前许多保税区的功能相对单一，主要是起中转存放的作用，对周边经济带动作用有限。自由贸易区一般是物流集散中心，大进大出，加工贸易比较发达，对周边地区具有强大的辐射作用，能带动区域经济的发展。

总体来说，保税区和自由贸易区在监管力度、储存时间限制、货物管理方式和功能作用上存在明显的差别。