（一）保税政策

保税政策是综合保税区基本、核心的税收政策，区内保税加工、保税物流、保税服务等业务普遍适用该政策。

主要包括两个方面：一是从境外入区的货物，暂缓缴纳进口关税及进口环节税，企业可以根据货物流向再决定是否征税进口；二是区内、区间流转环节，综合保税区与其他综合保税区等海关特殊监管区域、保税监管场所之间往来的货物及综合保税区内企业间往来货物予以保税。

（二）免税政策

包括三个方面，主要是境外入区环节，除另有规定外，下列货物免予征收进口关税和进口环节税：区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和建设生产厂房、仓储设施所需的基建物资；区内企业开展业务所需的机器、设备、模具机器维修用零配件；综合保税区行政管理机构和区内企业自用合理数量的办公用品。

（三）退税政策

境内区外以出口报关方式进入综保区的货物，按照国家有关规定办理出口退税。

（四）其他优惠政策

在税收管理方面

基于封闭围网的监管条件，海关对综合保税区实行较为宽松的监管制度，如区内货物可以自由流转、区内企业可以利用监管期限内的免税设备接收区外企业委托开展加工业务，区内货物不设存储期限（法律法规另有规定除外）等。不仅如此，综合保税区内企业获得增值税一般纳税人资格后，将纳入国内税收抵扣环节，能够解决区内企业国内增值税不能抵扣问题，降低企业成本，有效解决当前区内企业对接市场不便利的问题。

在关税配额、许可监管管理方面

一是综合保税区与境外之间进出的货物不实行关税配额、许可证件管理，但法律法规、我国缔结或参加的国际条约、协定另有规定的除外。

二是综合保税区与区外之间进出货物属于关税配额、许可证件管理的，区内企业或者区外收发货人应当取得关税配额、许可证件。

在货物检疫方面

一是境外进入综合保税区的货物及其外包装、集装箱，应当由海关依法在进境口岸实施检疫。因口岸限制等原因，海关可以在区内符合条件的场所（场地）实施检疫。

二是综合保税区与区外之间进出的货物及其外包装、集装箱不实施检疫，但法律法规另有规定除外。